Тимощук перешёл в «Баварию» в июле 2009 года из санкт-петербургского «Зенита». Его переход обошёлся немецкому клубу в 14 млн долларов. Вместе с мюнхенцами он становился чемпионом Бундеслиги (2010), обладателем Кубка (2010) и Суперкубка Германии (2010, 2012), а также дважды выходил в финал Лиги чемпионов.

Российским любителям футбола украинский полузащитник запомнился выступлением за «Зенит», в который он перешёл из донецкого «Шахтёра». Его трансфер обошёлся питерцам в 20 млн евро. В составе «сине-бело-голубых» он выигрывал чемпионат (2007) и Суперкубок России (2008), а также Кубок УЕФА (2008) и Суперкубок УЕФА. (2008).