Assani Lukimya-Mulongoti, Dennis Aogo og Artjom Rudnevs scoret for hjemmelaget i lokaloppgjøret i nord.
Son Heung-min og Sokratis Papastathopoulos sto for Werders mål. Gjestene fikk Clemens Fritz utvist (to gule kort) etter 80 minutter. På overtid ble også lagkamerat Marko Arnautovic vist det røde kortet.
– Vi fikk en tidlig kalddusj, men kjempet oss tilbake i kampen. Vi har gjort framskritt, siden vi nå klarer å slå tilbake etter først å ha fått «en på trynet». Det maktet vi ikke å gjøre tidligere i sesongen, sa HSV-trener Thorsten Fink.
Skjelbred har begynt å få godt med til tillit hos Hamburg etter en lang periode blant reservene.
I den andre kampen søndag vant serieleder Bayern München 2-0 borte over Stuttgart. (©NTB)