Bayern måtte spille store deler av kampen med ti mann etter at Pepe Reina ble utvist før kvarteret var spilt.
Reina fikk en sjelden sjanse fra start, men stjernekeeper Manuel Neuer måtte inn etter at spanjolen lagde straffe.
Paul Verhaegh bommet fra ellevemetersmerket, og bortelaget måtte vente til det var spilt 71 minutter før vinnermålet kom.
Det ble scoret av Raúl Bobadilla.
Bayern stilte med et relativt sterkt lag, men maktet ikke å finne målet foran egne fans. Tirsdag kommer Barcelona for å spille returoppgjøret i semifinalen. Den spanske giganten leder 3-0 etter det første møtet. (©NTB)