Målvaktens nya avtal är tre år längre än hans förra.
– Ett tecken på hans underbara karaktär: Bayern för alltid. Därför vill jag tacka Manuel Neuer, säger klubbens vd Karl-Heinz Rummenigge.
På fredagen utsågs även Bayerns nye president Karl Hopfner under ett krismöte som höll i klubbens baskethall. Hopfner ersätter Uli Hoeness, som dömdes till 3,5 år fängelse för skatteflykt.
Hoeness är dock fast besluten att återvända till klubben.
– Jag hoppas alla mår bra när jag återvänder och det här traumat är över, sa Hoeness under ett krismöte i Bayerns baskethall, och fick en minuts applåder som respons.