Tuy nhiên, kể từ khi đặt chân đến Allianz Arena, những gì mà Pep để lại là rất mờ nhạt. Hai danh hiệu quốc nội Bundesliga rõ ràng chẳng thể nào khiến cho BLĐ và NHM Bayern hài lòng. Ngoài ra, mối quan hệ giữa Pep và các học trò cũng không được tốt, nhất là với những trụ cột như Robben và Ribery. Thậm chí, đã có thời điểm vị chiến lược gia người TBN phải đối mặt với làn sóng tẩy chay từ NHM và dư luận Đức.