I de tyska förbundsstaterna Sachsen och Sachsen-Anhalt steg vattnet i floderna Saale och Elbe. Katastroflarm var utlyst i Regensburg i östra Bayern, liksom i Magdeburg i Sachsen-Anhalt. I flera städer nådde bruna vattenmassor upp till kring sju meter och hotade spränga skyddsvallar.
I Regensburg har vattenståndet inte varit så högt på 130 år, säger en talesman för staden till Süddeutsches nätupplaga. Det uppges dock inte vara någon fara för invånarna, och ström- och dricksvattenförsörjningen fungerar än så länge.
Läget i Halle beskrivs som “dramatiskt” och tidigt på morgonen kallades 200 brandmän till platsen.
Också i Magdeburg i Sachsen-Anhalt utlystes katastroflarm i morse.
Fartygstrafiken på Rhen i södra Tyskland kommer troligen att stå stilla åtminstone till torsdag morgon på grund av det höga vattenståndet, uppger myndigheter. Trafiken stoppades i helgen.
Tyska meteorologer förutspår att det värsta var över för den bayerska staden Passau, men varnade för översvämningar i den historiska staden Dresden och i närliggande Meissen.
I Tjeckiens huvudstad Prag var tunnelbanan fortsatt stängd i dag, och över 60 gator var stängda för trafik. Men översvämningarna nådde sin kulmen i dag och regnet väntades avta, enligt prognoserna.
Enligt officiella siffror har minst elva människor dött till följd av översvämningarna i Centraleuropa. Åtta människor har omkommit i Tjeckien, bland annat en kvinna som fick ett uppslitet trä över sig då hon var ute och gick med sin hund. Två människor har dött i Österrike och en i Schweiz.
På tisdagen hade över 10 000 människor evakuerats från sina hem i Tyskland, och över 8 000 i Tjeckien.