– Jag vet verkligen inte vad som behöver hända för att den här pojken ska få spela internationellt, sade Bayerntränaren Jupp Heynckes om Weidenfeller som ännu inte fått chansen i landslaget.
Toni Kroos gjorde ledningsmålet för Bayern München i den 67:e minuten och Mario Götze kvitterade i den 74:e.
Landslagets och Bayerns Holger Badstuber skadade knäet illa och kommer att vara borta från fotbollen i sex månader.
Bayern leder ligan och Dortmund ligger trea. Leverkusen är tvåa, åtta poäng efter Bayern. Leverkusen vann på lördagen med 1-0 mot Nürnberg.