Spahic var ute med en skade, men kastet seg inn da det ble bråk etter at Bayern hadde vunnet kvartfinalen i cupen på straffespark.
Les også: Fleipet med «løpe-sjokk» etter å ha sett nye lagkamerater.
En video viser at midtstopperen nikket til en av Leverkusens sikkerhetsvakter, og søndag ble det klart at bosnierens kontrakt blir avsluttet med umiddelbar virkning.
– Etter hendelsen har vi ikke noe valg, sier klubben i en pressemelding.
Spahics kontrakt gikk egentlig ut neste sommer, men nå står han fritt til å finne en ny klubb.
– Jeg beklager oppførselen min etter cupkampen og ber om unnskyldning til ofrene og deres familier, sier han.
Da Leverkusen slo Mainz i serien lørdag, dediserte kaptein Simon Rolfes seieren til vakten som ble skallet ned.
Se video: Et kjedelig intervju med Mjøndalen-humoristene Mads Hansen og Christian Gauseth.