Uenigheten kom for en dag etter at Østerrike og Tyskland ble enige om en midlertidig åpning av grensene for å slippe inn tusener av flyktninger etter at Ungarns konservative regjering viste seg uvillig til å håndtere flyktningstrømmen.
Tyskland venter at det skal komme 800.000 asylsøkere i løpet av året. Bare i august ble det registrert over 100.000.
Men Bayerns innenriksminister Joachim Herrmann fra søsterpartiet CSU til Merkels CDU anklager henne for å ha handlet uten å ha rådført seg med de tyske delstatene, som i dag må hanskes med konsekvensene.
Bayerns delstatsminister Horst Seehofer og andre CSU-ledere mener Merkels beslutning var en feil, og Seehofer sier at hans parti vil sette saken på dagsorden på et møte i regjeringskoalisjonen søndag.
Seehofer sier det ikke fins noe land som kan håndtere en slik situasjon, og at det er helt nødvendig at regjeringen lager en plan. (©NTB)