De 26-jarige aanvaller zette zijn handtekening onder een contract voor drie jaar in Beieren. De transfersom van de Argentijn is niet bekend gemaakt, maar zou rond de drie a vier miljoen euro liggen. In januari verhuisde Bobadilla nog voor drie miljoen euro van BSC Young Boys Bern naar FC Basel.
Maar het avontuur bij de Zwitserse landskampioen, waar hij een contract tot medio 2017, verliep van beide kanten niet op de gewenste wijze. Een vertrek bleek de beste oplossing. Bobadilla speelde eerder in de Bundesliga voor Borussia Mönchengladbach. In totaal 2,5 jaar. Hij kwam toen tot 59 wedstrijden, acht doelpunten en twaalf assists. Een halfjaar werd hij immers uitgeleend aan Aris Saloniki.