Robert Lewandowski gav Bayern ledningen med 1-0 i den sjunde minuten efter ett misstag från Heiko Westermann. David Alaba ökade på till 2-0 strax före halvtid med ett distansskott.

Franck Ribery gjorde sin första start för säsongen efter rygg- och knäproblem och firade med att göra 3-0 tidigt i andra halvlek. Fransmannens skott ändrade riktning via motståndaren Johan Djourou vilket ställde målvakten Jaroslav Drobny.

Bayern jagar sin tredje raka cuptitel.

Övriga Bundesliga-lag som spelade i kväll avancerade till nästa omgång. Men Bayer Leverkusen lyckades först efter ett straffdrama. Bernd Leno räddade tre straffar mot fjärdedivisionslaget Magdeburg.