Olyckan inträffade strax före klockan sju på tisdagsmorgonen i Bad Aibling, en stad som ligger fem mil söder om München och nära gränsen till Österrike.
De två lokförarna och ytterligare åtta personer omkom, ett 20-tal passagerare skadades svårt och ett 90-tal personer undkom med lättare skador. De svårt skadade flögs med helikopter till München. Det var färre passagerare än vanligt på tåget denna tidiga morgon eftersom Tyskland befinner sig i karnevalstider och skolbarnen hade lov.
Sex timmar efter olyckan framträdde trafikministern Alexander Dobrindt i en direktsänd presskonferens efter att ha varit på olycksplatsen:
– Det var en förskräcklig syn. Det ena tåget hade borrat sig in i det andra. De måste ha krockat i hög hastighet, 100 kilometer i timmen är tillåtet på sträckan. Olyckan inträffade i en kurva så lokförarna hade inte hunnit bromsa. Detta är en svår stund för tågtrafiken i Tyskland, sade ministern.
De första hjälparbetarna var snabbt på plats och i räddningsarbetet deltog uppemot 500 brandmän, poliser, sjukvårdare och annan personal, även från Österrike.
Räddningsarbetet komplicerades av att olyckplatsen ligger precis vid en kanal med ett skogsområde på andra sidan spåren. De skadade fick bärgas med båtar och helikoptrar.
Den lokala tågtrafiken i området drivs sedan 2013 av ett privat företag. Anledningen till att tågen kunde kollidera var att sträckan vid olycksplatsen är enkelspårig. Tågen skulle enligt tidtabellen inte ha mötts förrän vid en station några kilometer öster om olycksplatsen.
Olyckan skulle ändå inte ha kunnat inträffa eftersom ett säkerhetssystem med namnet PZB installerats på den enspåriga sträckan. Efter en svår olycka för fem år sedan med tio döda finns det inga spåravsnitt i Tyskland utan detta säkerhetssystem. PZB innebär att om ett tåg passerar en stoppsignal så ska kraftiga magneter i rälsen bromsa tåget automatiskt.
På de två tågen fanns sammanlagt tre så kallade svarta lådor med färddata som kan ge svar på vad som hänt, om olyckan orsakats av ett tekniskt fel eller av någon av lokförarna.
Två av de svarta lådorna bärgades på tisdagseftermiddagen.
Tyska tidningar uppgav på tisdagskvällen att utredarna riktar misstankarna mot en järnvägstjänsteman som ska ha satt säkerhetssystemet ur spel eftersom han ville släppa fram en försenad motorvagn på sträckan.